1.信息源不同
搜索引擎致力于收集所有网络上的公开信息，信息质量没有保证，需要自己判断；文献数据库只收录学术性等可信来源的信息，信息质量有保证。

2.检索方式不同
文献数据库提供了更多样的检索方式。

3.结果呈现不同
搜索引擎基本不可调整；文献数据库可按照自己的需要，采用不同的方式进行整理。
4.结果分析方面不同
搜索引擎一般不提供结果分析功能，文献数据库一般都提供精炼和分析功能。

5.结果输出不同
搜索引擎的结果一般不能直接导出；文献数据库一般会提供方便的途径将结果输出，便于再次利用这些信息。